Kun arkki oli valmis, Jumala sanoi: “Mene arkkiin koko perheesi kanssa, sillä sinut yksin olen havainnut vanhurskaaksi tässä sukupolvessa.” Jumala käski Nooan ottaa myös seitsemän paria puhtaita eläimiä ja seitsemän paria lintuja sekä kaksi niistä eläimistä, jotka eivät olleet puhtaita. Seitsemän päivän kuluttua sade alkaisi.
Nooa oli kuusisataa vuotta vanha, kun vedenpaisumus tuli. Määrättynä päivänä suuren syvyyden lähteet puhkesivat ja taivaan sulkuportit aukesivat. Satoi neljäkymmentä päivää ja neljäkymmentä yötä. Nooa ja hänen perheensä menivät arkkiin eläinten kanssa, ja Jumala sulki heidät sisään.
Vedet nousivat, kunnes jopa korkeimmat vuoret peittyivät, viisitoista kyynärää niiden yläpuolelle. Kaikki kuivalla maalla, joilla oli elämän henkeä, menehtyi. Vain Nooa ja ne, jotka olivat hänen kanssaan, jäivät eloon.
Kun vedet olivat paisuneet sataviisikymmentä päivää, Jumala muisti Nooan ja kaikki olennot hänen kanssaan. Jumala lähetti tuulen, sade lakkasi ja vedet alkoivat laskea. Seitsemännessä kuussa, seitsemäntenätoista päivänä, arkki pysähtyi Araratin vuorille, ja myöhemmin vuorten huiput alkoivat näkyä.